O capitão Robert FitzRoy foi sem dúvida uma das pessoas mais influentes no trabalho de Darwin, sendo também um dos naturalistas da época, e grande entusiasta dos estudos da anatomia e medicina. É também o responsável por alguns dos textos mais enigmáticos revelados recentemente aos pesquisadores. Tratam-se de apêndices e notas não publicadas até hoje em nenhuma edição do livro, filtradas pelos primeiros editores e talvez pelo próprio Darwin por tratar de assuntos completamente inexplicáveis.
Após retirar o Beagle de Galápagos, o capitão observou uma estranha espécie de teleósteos perciformes (popularmente conhecidos como “peixes espada”), que pareciam ter membros superiores semelhantes a pinças de caranguejo, e membros inferiores próximos aos de sapos. Isso poderia indicar que a espécie teria habitado um terreno que foi alagado lentamente, de modo a se adaptar à vida marinha depois de terreno seco, o que pode ser considerado uma regressão evolutiva. A particularidade dos peixes é que pareciam rondar o navio, e não era possível pescá-los nem com rede.
A espécie foi omitida do livro de Darwin. Robert FitzRoy, que não conquistou fama com o trabalho, apesar da influência sobre este e o talento, se interessou pelo estudo da fauna do pacífico (nota: uma viagem de pesquisas não seria possível, já que exige uma grande quantidade de verbas e não produzia nenhum rendimento. A viagem do Beagle foi financiada pela grande fortuna herdada de Darwin). Já havia feito carreira política na Inglaterra, e em poucos anos acabou se estabelecendo como governador da Nova Zelândia.
Depois de deixar o cargo, passou poucos anos se dedicando à carreira de naturalista, fazendo o transporte de mercadorias entre o Oriente e a América. Boa parte dos mercadores, em grande parte contrabandistas, temiam a pirataria, e era comum a história sobre piratas que, em regiões com névoa, atacavam, saqueavam e fugiam sem que sequer fosse possível ver a embarcação. Naturalmente, uma hipérbole dos que passaram pelo terror do saque. Porém, um dos escritos mais chocantes da história, o capitão FitzRoy relata um ataque de estranhos répteis com aparência humana, que escalam as amuradas de navios sob a noite e a névoa, e jogam as mercadorias ao mar. A idéia de uma espécie inteligente que cobiçava mercadorias e um método frustrado de previsão do tempo levou o capitão à miséria. Alguns associam o texto à loucura que o acometeu nos últimos anos de vida (sofria de depressão e transtorno bipolar), enquanto outros associam a loucura às experiências vividas. Robert FitzRoy se suicidou em 1865, mas desaparecimento de cargas e mortes misteriosas nos oceanos são comuns até hoje. Os mais supersticiosos aderem a culpa a sereias, mas os mais experientes e vividos atribuem a peixes capazes de pensar e saquear, com espadas.
